Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi AAN Yogyakarta telah menjalin kerjasama dengan berbagai institusi antara lain :
Bidang Pengembangan SDM bekerjasama dengan PTN, Rumah Sakit, Bank, dsb.
Bidang Penelitian bekerjasama dengan BAPPEDA Kota Yogyakarta, Pemda Propinsi, Pemda Kota maupun Kabupaten dan instansi lainnya.
Bidang Pengabdian pada Masyarakat berupa Pelatihan : Kepemimpinan, Komputer Perkantoran, Kearsipan Dinamis, Notulensi.